Korrupsiya ilə əlaqədar cinayətlərin yüksək ictimai təhlükəlilik dərəcəsi, habelə ölkəmizin qoşulmuş olduğu BMT-nin 2004-cü il tarixli “Korrupsiya əley hinə” Konvensiyasının 36-cı maddəsinin hər bir iştirakçı dövlətin öz hüquq sisteminin əsas prinsiplərinə uyğun olaraq korrupsiya ilə mübarizə aparmaq üçün ixtisaslaşmış orqanların mövcudluğunun təmin edilməsi barədə öhdəliyinin icrası qaydasında Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2004-cü ilin 3 mart tarixli “Korrupsiyaya qarşı mübarizə haqqında Azərbaycan Respublikasının Qanununun tətbiq edilməsi barədə” Sərəncamı əsasında Azərbaycan Respublikasının Baş prokuroru yanında Korrupsiyaya qarşı Mübarizə İdarəsi yaradılmışdır.

28 oktyabr 2004-cü il tarixdə Azərbaycan Respublikasının Prezidentinin 138 nömrəli Fərmanı ilə Azərbaycan Respublikasının Baş prokuroru yanında Korrupsiyaya qarşı Mübarizə İdarəsinin Əsasnaməsi və prokurorluq işçilərinin ümumi say tərkibi təsdiq edilmişdir.

Ölkənin dinamik sosial-iqtisadi inkişafı korrupsiya ilə mübarizədə yeni, daha çevik sistemin yaradılmasını şərtləndirdiyi üçün 2011-ci ildə Baş prokuror yanında Korrupsiyaya qarşı Mübarizə Baş İdarəsinin strukturunda dəyişikliklər edilmişdir.

Bundan başqa Korrupsiyaya qarşı Mübarizə Baş İdarəsinin fəaliyyətinin təkmilləşdirilməsi prosesində Avropa İttifaqının Şərq Tərəfdaşlığı çərçivəsində Tvinninq layihəsinin reallaşdırılması mühüm rol oynamış, eyni zamanda, Böyük Britaniya, Avstriya, İspaniya, Litva, Latviya, Estoniya və digər ölkələrin antikorrupsiya qanunvericiliyi və onun tətbiqi öyrənilmişdir.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 11 mart 2011-ci il tarixli Fərmanına əsasən, Azərbaycan Respublikasının Baş prokuroru yanında Korrupsiyaya qarşı Mübarizə Baş İdarəsinin prokurorluq işçilərinin ümumi say tərkibi 60 ştat vahidi artırılaraq 100 nəfərə çatdırılmış, eyni zamanda texniki işçilərin sayında da əhəmiyyətli dəyişiklik edilərək 45 ştat vahidinə çatdırılmışdır.

Həmçinin, 18 mart 2011-ci il tarixdə Azərbaycan Respublikasının Milli Məclisi tərəfindən “Əməliyyat axtarış fəaliyyəti haqqında“ və “Prokurorluq haqqında” qanunlara dəyişikliklər edilərək MDB məkanında, habelə Azərbaycan prokurorluğunun tarixində ilk dəfə olaraq Azərbaycan Respublikasının Baş Prokuroru yanında Korrupsiyaya qarşı Mübarizə Baş İdarəsinə əməliyyat-axtarış fəaliyyətini həyata keçirmək səlahiyyətləri verilmişdir.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 08 aprel 2011-ci il tarixli Fərmanı ilə Nazirlər Kabinetinə Baş prokuror yanında Korrupsiyaya qarşı Mübarizə Baş İdarəsinin dövlət orqanları tərəfindən aparılan elektron informasiya ehtiyatlarından real vaxt rejimində istifadəsinin təmin edilməsi məqsədilə müvafiq tapşırıqlar verilmişdir.

Eyni zamanda, dövlət başçısının qeyd olunan və 10 may 2011-ci il tarixli Fərmanları ilə Baş İdarənin Əsasnaməsində dəyişikliklər edilərək digər məsələlərlə yanaşı, korrupsiya ilə əlaqədar hüquqpozmalar haqqında daxil olan məlumatlar üzrə ilkin yoxlamanın aparılması və ya korrupsiya ilə bağlı cinayətlərin istintaqı zamanı müxtəlif peşə sahələrində xüsusi biliyə malik şəxslərdən istifadə etməklə fiziki və ya hüquqi şəxslərin fəaliyyətinin yoxlanması məqsədilə idarəyə Mütəxəssislər qrupunun yaradılması səlahiyyəti verilmişdir.

Habelə, 16 dekabr 2011-ci il tarixdə Azərbaycan Respublikası Baş prokurorunun 10/112 nömrəli əmri ilə “Azərbaycan Respublikasının Baş prokuroru yanında Korrupsiyaya qarşı mübarizə idarəsinin Reqlamenti” təsdiq edilmişdir.

“Prokurorluq haqqında” və “Prokurorluq orqanlarında qulluq keçmə haqqında” Azərbaycan Respublikasının Qanununlarında dəyişikliklər edilməsi haqqında 14 fevral 2014-cü il tarixli qanunlar və həmin qanunların tətbiq edilməsi barədə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 17 mart 2014-cü il tarixli Fərman və Sərəncamları ilə Azərbaycan Respublikasının Baş prokuroru yanında Korrupsiyaya qarşı Mübarizə İdarəsinin adı dəyişdirilərək Azərbaycan Respublikasının Baş prokuroru yanında Korrupsiyaya qarşı Mübarizə Baş İdarəsi adlandırılmış və Baş İdarə Prokurorluğun sisteminə daxil edilərək statusu artırılmaqla səlahiyyətləri daha da genişləndirilmişdir.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 24 iyul 2014-cü il tarixli Fərmanı ilə Azərbaycan Respublikasının Baş prokuroru yanında Korrupsiyaya qarşı Mübarizə Baş İdarəsinin Əsasnaməsinin və prokurorluq işçilərinin ümumi say tərkibinin təsdiq edilməsi haqqında” Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2004-cü il 28 oktyabr tarixli 138 nömrəli Fərmanında dəyişikliklər edilərək Baş İdarə əməkdaşların ştat vahidi 100-dən 140-a çatdırılmışdır.

09 yanvar 2015-ci il tarixdə Baş İdarənin yeni strukturu, yeni Reqlamenti, idarə və şöbələrin Əsasnamələri təsdiq edilmişdir.