Azərbaycan Respublikasının Baş prokuroru yanında Korrupsiyaya qarşı Mübarizə Baş İdarəsi Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2004-cü il 3 mart tarixli 114 nömrəli Sərəncamı ilə yaradılmışdır.

Baş İdarə korrupsiya ilə bağlı cinayətlər üzrə həyata keçirilən ibtidai istintaq sahəsində ixtisaslaşmış qurumdur və Azərbaycan Respublikasının Baş prokuroruna tabedir.

Baş İdarənin əsas vəzifələrinə korrupsiya ilə əlaqədar hüquqpozmalara dair daxil olmuş məlumatlara baxmaq və araşdırma aparmaq, korrupsiya ilə bağlı cinayətlərlə əlaqədar cinayət işi başlamaq və ibtidai istintaq aparmaq, korrupsiya ilə bağlı cinayətlərin qarşısının alınması, aşkar edilməsi və açılması məqsədi ilə əməliyyat-axtarış fəaliyyətini həyata keçirmək, korrupsiya ilə bağlı cinayətlər üzrə əməliyyat-axtarış tədbirlərini İdarənin yazılı tapşırığı əsasında əməliyyat-axtarış fəaliyyətinin digər subyektləri yerinə yetirdikdə bu sahədə qanunların icrasına nəzarəti həyata keçirmək, korrupsiya ilə bağlı cinayətlərin törədilməsi nəticəsində vurulmuş maddi ziyanın ödənməsi, habelə tətbiq oluna biləcək əmlak müsadirəsinin təmin edilməsi üçün qanunvericiliklə nəzərdə tutulmuş tədbirlər görmək, korrupsiyaya qarşı mübarizənin vəziyyətini öyrənmək, korrupsiya ilə əlaqədar hüquqpozmalarla bağlı məlumatları toplamaq, təhlil etmək, ümumiləşdirmək və korrupsiyaya qarşı mübarizənin səmərəliliyinin artırılması üçün təklif və tövsiyələr hazırmaq, korrupsiya ilə bağlı cinayətlərin ibtidai istintaqı, habelə həmin işlərin məhkəmə baxışı zamanı cinayət prosesində iştirak edən şahidlərin, zərərçəkmiş, təqsirləndirilən və digər şəxslərin təhlükəsizliyi üçün tədbirlərin görülməsini təmin etmək, korrupsiyaya qarşı mübarizə sahəsində görülən tədbirlər barədə Baş prokuror vasitəsilə Azərbaycan Respublikasının Prezidentinə və Korrupsiyaya qarşı mübarizə üzrə Komissiyaya mütəmadi olaraq məlumat vermək, korrupsiyaya qarşı mübarizə sahəsində dövlət orqanları və digər qurumlarla əməkdaşlıq etmək, görülən tədbirlər barədə ictimaiyyəti məlumatlandırmaq və fəaliyyətində aşkarlığı təmin etmək və s. daxildir.