Azərbaycan Respublikasının Baş prokuroru yanında Korrupsiyaya qarşı Mübarizə Baş İdarəsinin strukturu aşağıdakı idarə və şöbələrdən ibarətdir:

-       Təşkilati və informasiya təminatı idarəsi – (Dəftərxana sektoru, Təsərrüfat  sektoru və İnformasiya texnologiyalarının tətbiqi sektoru);

-       İstintaq idarəsi;

-       Preventiv tədbirlər və təhqiqat idarəsi;

-       Əməliyyat idarəsi;

-       Əməliyyat təminatı şöbəsi;

-       Mütəxəssis təhlilləri şöbəsi.

Təşkilati və informasiya təminatı idarəsi

Təşkilati və informasiya təminatı idarəsinin funksiyalarına korrupsiya hüquq pozmalarına dair məlumatların təhlili, Baş İdarənin Reqlamentinin icrasına nəzarət, hesabatların hazırlanması, Korrupsiya ilə əlaqədar cinayətlər barədə vahid informasiya bazasının, “Qaynar xətt” əlaqə mərkəzinin işini təşkil etmək, metodiki tövsiyələrin hazırlanması, qanunvericiliyin sistemləşdirilməsi, beynəlxalq əlaqələr, mətbuata məlumatların hazırlanması və digər məsələlər daxildir.

Preventiv tədbirlər və təhqiqat idarəsi

Preventiv tədbirlər və təhqiqat idarəsinin funksiyalarına korrupsiya hüquqpozmaları ilə əlaqədar dövlət orqanları, hüquqi və fiziki şəxslərdən, həmçinin “Qaynar xətt” əlaqə mərkəzindən daxil olmuş məlumatlar üzrə araşdırma aparmaq, təhlil yolu ilə korrupsiyaya dair tendensiyaları müəyyən etmək, onların qarşısının alınmasına dair təkliflər hazırlamaq və digər məsələlər daxildir.

İstintaq idarəsi

İstintaq idarəsinin funksiyalarına korrupsiya ilə bağlı cinayətlərlə əlaqədar cinayət işi başlanması, ibtidai istintaq aparılması, korrupsiya ilə bağlı cinayətlərin törədilməsi nəticəsində vurulmuş maddi ziyanın ödənilməsi, habelə tətbiq oluna biləcək əmlak müsadirəsinin təmin edilməsi üçün qanunvericiliklə nəzərdə tutulmuş tədbirlərin görülməsi və digər məsələlər daxildir.

Əməliyyat idarəsi

Əməliyyat idarəsinin funksiyalarına korrupsiya ilə bağlı cinayətlərin qarşısının alınması, aşkar edilməsi və açılması məqsədilə əməliyyat-axtarış tədbirlərinin hazırlanması və həyata keçirilməsi, korrupsiya cinayətləri törədərək istintaqdan və məhkəmədən qaçıb gizlənmiş şəxslərin axtarışı və tutulması üçün müvafiq tədbirlərin yerinə yetirilməsi və digər məsələlər daxildir.

Əməliyyat təminatı şöbəsi

Əməliyyat təminatı şöbəsinin funksiyalarına korrupsiya hüquqpozmalarının ilkin araşdırılması və istintaqı zamanı prokuror və müstəntiqlərə zəruri köməklik göstərilməsi, əməliyyat təminatının həyata keçirilməsi, texniki vasitələrin hazırlanması, quraşdırılması və sökülüb çıxarılması, əməliyyat-axtarış tədbirlərinin həyata keçirilməsi zamanı informasiya sistemlərindən, video və səs yazmadan, kino və fotoçəkilişdən, həmçinin digər texniki vasitələrdən istifadə edilməsi və digər məsələlər daxildir.

Mütəxəssis təhlilləri şöbəsi

Mütəxəssis təhlilləri şöbəsinin funksiyalarına korrupsiya ilə əlaqədar hüquqpozmalar haqqında daxil olan məlumatlar üzrə ilkin araşdırma və korrupsiya ilə bağlı cinayətlərin istintaqı zamanı maliyyə, mühasibat, bank, kredit, elm, texnika və digər peşə sahələrində yoxlamalar aparılması, yoxlamaların nəticələri üzrə rəy tərtib edilməsi, ilkin araşdırma materiaları və cinayət işləri üzrə prokurorlara və müstəntiqlərə ixtisaslı məsləhətlər və tövsiyələr verilməsi və digər məsələlər daxildir.