Во времена бывшего Советского Союза деятельность органов прокуратуры Азербайджанской Республики регулировалась законом Союза «О прокуратуре СССР» от 30 ноября 1979 года.  
В то время военные прокуратуры не действовали в системе прокуратуры Азербайджанской Республики. Находящаяся в Баку Военная прокуратура, воинская часть №63470 и военная прокуратура военно-морских сил, а также военные прокуратуры Гянджинского, Лянкяранского и Нахичеванского гарнизонов, действовавшие на территории Республики, в свою очередь, были подчинены Военной прокуратуре Закавказского военного округа.
После распада Советского Союза эти прокуратуры были ликвидированы и созданы органы военной прокуратуры независимой Азербайджанской Республики.
Конституционный закон Азербайджанской Республики о государственной независимости от 18 октября 1991 года, принятый Верховным Советом Республики, играла роль нормативно-правовой базы для создания этих прокуратур.
В соответствии со статьей 4 Закона до принятия соответствующих законов суверенной Республики законы СССР, не противоречащие суверенитету и не предполагающие, изменений в государственную структуру Азербайджанской Республики, действовали на ее территории.
Позже постановлением Милли Меджлиса - высшего законодательного органа - от 21 мая 1992 года был принят Закон Азербайджанской Республики «О военной прокуратуре". Кроме того, 26 августа 1992 года Президент Азербайджанской Республики принял закон "О сохранении действия и правил применения законодательных актов бывшего Советского Союза, устанавливающих статус органов прокуратуры на территории Азербайджанской Республики".
В соответствии с настоящим Законом, Закон «О прокуратуре СССР» от 30 ноября 1979 года; Положение «О Военной прокуратуре» от 4 августа 1981 года, в том числе другие нормативные акты, определяющие правила выдачи специальных званий сотрудникам органов прокуратуры, их вознаграждения, привлечения к дисциплинарной ответственности, сохранили свою юридическую силу на территории Азербайджанской Республики. В соответствии со статьей 2 Закона, было установлено, что права и обязанности Генерального прокурора СССР и Военного прокурора СССР на территории нашей республики, соответственно, осуществляет Генеральный прокурор и Военный прокурор Азербайджанской Республики.
Приказом Министра обороны Азербайджанской Республики, с целью выполнения вышеупомянутых актов, все вопросы, касающиеся деятельности соответствующих воинских частей были поручены Военной прокуратуре Азербайджанской Республики, а также военным прокуратурам Бакинского, Гянджинского, Нахичеванского, Лянкяранского, Физулинского и Карабахского гарнизонов и военно-морских сил.
В соответствии с приказом министра обороны личный состав военных прокуратур был включен в штатную единицу Вооруженных Сил Азербайджанской Республики. Было также установлено, что Устав и Положения, устанавливающие правила военной службы относятся также к сотрудникам военных прокуратур, в период пока они находятся на действительной военной службе.
Перечни официальных должностей и воинских званий в соответствии с этими положениями были одобрены Генеральным штабом Вооруженных Сил на основании приказа Генерального прокурора Азербайджанской Республики. Финансирование военных прокуратур осуществлялось Министерством обороны Азербайджанской Республики.
В этот период некоторые изменения были внесены в систему Военной прокуратуры Азербайджанской Республики. Были созданы военные прокуратуры ВВС и ПВО, военно-морских сил, внутренних войск МВД, пограничных войск, а также специализированные военные прокуратуры и Апшеронская военная прокуратура. Впоследствии эти прокуратуры были упразднены.
В настоящее время, принятая в 1995 году Конституция Азербайджанской Республики, Закон Азербайджанской Республики «О прокуратуре2 от 7 декабря 1999, Закон Азербайджанской Республики «О прохождении службы в органах прокуратуры» от 29 июня 2001 года и Закон Азербайджанской Республики «О военной службе», «О статусе военнослужащих» и другие нормативные акты служат в качестве правовой основы для создания и функционирования в республике военных прокуратур. 
В настоящее время в системе органов прокуратуры действуют Военная прокуратура Азербайджанской Республики, Военная прокуратура Нахичеванской Автономной Республики, в том числе Бакинская, Сумгаитская, Газахская, Тертерская, Карабахская, Физулинская, Ленкоранская и Загатальская военные прокуратуры.