1. Управление по надзору за исполнением законов в следственной, дознавательной и оперативно-розыскной деятельности органов внутренних дел Бакинской городской прокуратуры 
Управление следит за единообразным, правильным исполнением и применением законов в следственной, дознавательной и оперативно-розыскной деятельности органов внутренних дел города Баку; своевременно принимает меры по выявлению и устранению нарушений в этой сфере; контролирует соблюдение требований закона при приеме, регистрации и рассмотрении поступающих в органы внутренних дел заявлений и информации о совершенных и планируемых преступлениях.
Осуществляет надзор за законностью проверок, расследований и решений, принимаемых в следственной, дознавательной и оперативно-розыскной деятельности органов внутренних дел, обобщает состояние прокурорского надзора за исполнением и применением законов, принимает меры по совершенствованию прокурорского надзора и предотвращению нарушений закона.
В связи с исполнением законов в следственной, дознавательной и оперативно-розыскной деятельности органов внутренних дел контролирует деятельность нижестоящих прокуроров, проводит проверки, принимает меры по устранению выявленных нарушений, оказывает им методическую и практическую помощь, обеспечивает выполнение приказов, распоряжений и указаний Генерального прокурора и Прокурора города Баку в этой сфере.
Управлением руководит начальник. В структуру управления входят старший прокурор-методист, старший прокурор и прокуроры.

2. Отдел по надзору за следствием в прокуратуре Бакинской городской прокуратуры 
Отдел осуществляет регулярный контроль за правильным исполнением и применением положений Уголовно-процессуального кодекса Азербайджанской Республики в ходе досудебного производства по уголовному делу, за соблюдением в районных прокуратурах города Баку законодательства при приеме, регистрации и рассмотрении заявлений и иных обращений, поступающих по совершенным или планируемым преступлениям. Рассматривает поступившие заявления и иные обращения по совершенным и планируемым преступлениям, ставит вопрос о возбуждении уголовного дела при наличии достаточных оснований и оснований, обеспечивает тщательное, полное, объективное и своевременное предварительное расследование.
Обязанности отдела: изучение сведений о совершенных или планируемых преступлениях; письменные указания следователю о выборе, изменении или отмене меры пресечения, квалификации деяния, розыске виновного, содержании обвинительного заключения, принятии постановления, а также о проведении раследования или других процессуальных действий; дать заключение о законности и обоснованности принятых решений, отменить незаконные и необоснованные решения, назначить дополнительное расследование или поднять вопрос о принятии постановления о возбуждении уголовного дела и т.п.
Отделом руководит начальник. В структуру отдела входят старший прокурор и прокуроры. 

3. Отдел по организации работы с документами и обращениями Бакинской городской прокуратуры
Отдел обеспечивает регистрацию, учет, рассмотрение, направление и уточнение заявлений, жалоб и предложений, уголовных дел, материалов и других документов, поступающих в Бакинскую городскую прокуратуру, а также улучшение работы в этой сфере.
Обеспечивает регистрацию контрольных карточек обращений и жалоб, поступивших в Бакинскую городскую прокуратуру, обеспечивает создание и функционирование локальной сети, размещение заявлений и жалоб в компьютерной базе данных. Осуществляет рассмотрение обращений граждан, организует прием граждан в городской прокуратуре.
Отдел обеспечивает неразглашение служебных секретов, конфиденциальное делопроизводство и архивную работу в соответствии с законодательством.
Отделом руководит начальник. В структуру отдела входят старший прокурор и прокуроры. 

4. Отдел организационно-исполнительного надзора Бакинской городской прокуратуры 
Обеспечивает выполнение руководством Бакинской городской прокуратуры обязанностей, отнесенных к органам прокуратуры в соответствии с Конституцией Азербайджанской Республики, законами «О прокуратуре» и «О прохождении службы в органах прокуратуры». Подготавливает и вносит предложения по общей численности штатных единиц в структуре городской прокуратуры, организует оперативные совещания.
Подводит итоги полугодовой и годовой деятельности прокуратуры для обсуждения на заседаниях оперативных совещаний Бакинской городской прокуратуры, готовит и вносит прокурору города предложения по совершенствованию прокурорского надзора, укреплению законности.
По поручению Генерального прокурора и прокурора города Баку организует проверки деятельности сотрудников городских прокуратур, проводит в их отношении служебные проверки.
Отдел организационно-исполнительного надзора составляет проекты полугодовых и годовых планов работы городской прокуратуры и контролирует их своевременное и качественное выполнение, организует работу по статистическому учету и отчетности в прокуратуре и разрабатывает меры по совершенствованию прокурорского надзора.
Совместно с управлениями и отделами Бакинской городской прокуратуры анализирует состояние исполнительной и служебной дисциплины в городской прокуратуре и принимает меры по ее укреплению.
Отделом руководит начальник. В структуру отдела входят старший прокурор и прокуроры.